El uso de los stents recubiertos, más allá de las recomendaciones de las guías de práctica clínica, ha originado nuevas cuestiones que inicialmente no se habían tenido en cuenta. El principal problema que ha surgido es el de la trombosis del stent, la terapia necesaria para prevenirlo y la duración de ésta. Este fenómeno se ha clasificado temporalmente en trombosis precoz (cuando sucede dentro del primer mes), trombosis tardía (entre los 30 días y un año) y trombosis muy tardía (después de un año). Actualmente, se ha puesto de manifiesto que es posible que los pacientes a los que se ha implantado un stent recubierto puedan tener trombosis de éste después de los 12 meses de su implantación; además, antes de este período la trombosis del stent se ha relacionado especialmente con el abandono prematuro de la doble antiagregación. Actualmente ha crecido el sentir de que después de la implantación de un stent recubierto es necesario mantener la doble antiagregación durante un tiempo prolongado.

La necesidad de tratamiento antiagregante durante períodos muy prolongados ha generado un especial interés, por el posible incremento del riesgo hemorrágico y por el fenómeno de la resistencia a los antiagregantes. La causa fundamental de resistencia es una mala adhesión terapéutica, pero también, posiblemente, una variabilidad genética a la respuesta de los antiagregantes; asimismo, un factor no menos importante sería el posible tratamiento concomitante con fármacos con un potencial efecto protrombótico. Posiblemente, la resistencia a los antiagregantes puede tratarse mediante un incremento de las dosis de antiagregantes, aunque no hay muchos datos sobre su seguridad a largo plazo. Por otra parte, se encuentran en fase de investigación clínica nuevos fármacos, que es posible que puedan paliar alguno de los problemas actuales de la doble antiagregación mantenida a largo plazo.