Introducción: La miocardiopatía arritmogénica es una enfermedad cardiaca caracterizada por el reemplazamiento fibroadiposo progresivo, a menudo ocasionado por mutaciones en los genes desmosómicos (DSP, PKP2, DSG2, DSC2 y JUP). Debido al alto número de nuevas variantes identificadas es necesario el uso de software bioinformáticos para predecir la patogenicidad de estas variantes.
Métodos: Se realizó el estudio genético de los 5 genes desmosómicos (DSP, PKP2, DSG2, DSC2 y JUP) de 50 casos índice diagnosticados de miocardiopatía arritmogénica. La patogenicidad de las 27 variantes identificadas en los 50 individuos fueron testadas por dos software predictivos (Mutation Taster y Polyphen-2). Los resultados obtenidos de estos programas se compararon con los resultados de los estudios de cosegregación en las familias.
Resultados: Se detectaron 27 variantes en los 5 genes desmosómicos (9 en DSP, 8 en PKP2, 4 en DSC2, 3 en DSG2, 2 en JUP y 1 en PKP4), 17 estaban descritas en las bases de datos NCBI y HGMD Y 12 de ellas estaban asociadas con miocardiopatía arritmogénica. El software Mutation Taster reconoció como patogénicas 14 de las variantes descritas. De las variantes analizadas por el Polyphen-2, solo 4 de las mutaciones descritas se consideraron como patogénicas. De las 10 variantes no descritas en las bases de datos, 3 fueron consideradas como patogénicas por ambos software (Mutation Taster y Polyphen-2). 6 variantes (22,22%) fueron clasificadas como patogénicas por los dos software y 8 (29,62%) fueron clasificadas como no patogénicas o benignas. Por el contrario, se obtuvieron resultados opuestos en 3 variantes (11,1%). El resto de variantes no pudieron ser testadas por Polyphen-2 (37%). El estudio de cosegregación de la patología se pudo realizar en 12 familias. En 10 de ellas, el estudio de cosegregación fue determinante. 5 de las variantes con cosegregación tuvieron un valor patogénico con Mutation Taster y 1 variante con Polyphen-2.
Análisis predictivo de las variantes asociadas a MAVD |
||||||
Gen |
Variante |
Ref |
NCBI/HGMD |
Mutation Taster |
Polyphen-2 |
Penetrancia |
DSP |
R425X |
c.1273C>T |
Mut causal |
Mut causal |
x |
50% NC |
Q447X |
c.1339C>T |
No descrita |
Mut causal |
x |
91% C |
|
R877R |
c.2631G>A |
No descrita |
SNP |
x |
x |
|
A1074SfsX900 |
x |
Mut causal |
Mut causal |
x |
16,6% C |
|
R1458G |
c.4372C>G |
Mut causal |
SNP |
Benigna |
x |
|
Y1512C |
c.4535A>G |
SNP |
SNP |
Benigna |
x |
|
R1537C |
c.4609C>T |
No descrita |
SNP |
Probl patóg |
60% NPC |
|
E1740K |
c.5218G>A |
No descrita |
SNP |
Benigna |
x |
|
Q1925X |
c.5773C>T |
No descrita |
Mut causal |
x |
33,3% C |
|
PKP2 |
D26N |
c.76G>A |
Mut causal |
SNP |
Probl patóg |
66,66% C |
R79X |
c.235C>T |
Mut causal |
Mut causal |
x |
100% NPC |
|
S140F |
c.419C>T |
Mut causal |
SNP |
Benigna |
37,5% C |
|
A418D |
c.1253C>A |
No descrita |
Mut causal |
Probl patóg |
50% NPC |
|
T526M |
c.1577C>T |
Mut causal |
SNP |
Benigna |
x |
|
V587I |
c.1759G>A |
Mut causal |
Mut causal |
Probl patóg |
x |
|
G712R |
c.2134G>A |
No descrita |
Mut causal |
Probl patóg |
22,2% NC |
|
V837fsX930 |
c.2509delA |
Mut causal |
Mut causa |
x |
25% C |
|
DSC2 |
L37L |
c.111A>G |
SNP |
SNP |
x |
x |
A133T |
c.397G>A |
No descrita |
SNP |
Benigna |
x |
|
G286V |
c.857G>T |
Var desconoc |
SNP |
Benigna |
x |
|
E896fsX900 |
c.2687_2688insGA |
No patog |
Mut causal |
x |
33,33% C |
|
DSG2 |
G638R |
c.1912G>A |
Mut causal |
Mut causa |
Probl patóg |
100% NPC |
V920G |
c.2759T>G |
Mut causal |
SNP |
Benigna |
50% C |
|
A969V |
c.2906C>T |
No descrita |
Mut causal |
Probl patóg |
100% NC |
|
JUP |
T19I |
c.56C>T |
Mut causal |
Mut causal |
Posibl patóg |
100% NPC |
A521A |
c.1563A>G |
No patog |
SNP |
x |
x |
|
PKP4 |
R460Q |
c.1379G>A |
No descrita |
Mut causal |
Benigna |
66,6% NC |
SNP: polimorfismo; C: cosegrega; NC: no cosegrega; NPC: no es posible calcular la cosegregación. |
Conclusiones: El análisis bioinformático mediante los softwares predictores es muy útil en el estudio de la patogenicidad de las variantes desmosómicas. Los estudios de cosegregación son también un parámetro muy importante ya que en ocasiones, los software pueden darnos resultados opuestos en la evaluación de la patogenicidad de determinadas variantes y estos estudios de cosegregación pueden ser definitivos a la hora de valorar la patogenicidad.