La endocarditis sobre válvula protésica tardía (EISP) es una patología seria con una elevada mortalidad precoz y tardía y su pronóstico ha sido siempre peor que el de la endocarditis sobre válvula nativa (EISVN). Sin embargo, las características clínicas de la EISVN han cambiado recientemente. El objetivo de este estudio es determinar las características clínicas y pronóstico de la EISP tardía y compararlas con la EISVN en un hospital de tercer nivel. Durante el periodo de estudio (1987-2012), 251 pacientes con EISVN y 66 con EISP tardías fueron tratados en nuestro centro. La edad media fue similar en ambos grupos (50 ± 20 años en ESIVN y 53 ± 17 años en EISP tardía). Hubo más casos previos de EI en los casos con EISP (9% vs 1,2%, p = 0,003). No hubo diferencias en la puerta de entrada, factores de riesgo para la infección o válvula afectada (posición aórtica 45% y 49% respectivamente). La tasa de hemocultivos negativos fue similar en ambos grupos (14% en EISVN y 11% en EISP). Tampoco se apreciaron diferencias en cuanto al germen responsable (S. aureus 22% y 17%, S. epidermidis 9% y 14%, S. viridans 25% y 26%). Se detectaron más vegetaciones en los casos de EISVN (96% vs 83%, p = 0,001) y de mayor tamaño (12 ± 4 mm vs 10 ± 3 mm, p = 0,007). La tasa de complicaciones graves en la fase activa fue similar en ambos grupos (76% y 71%). Sorprendentemente, las complicaciones cardiacas fueron mayores en los casos de EISVN (52% vs 36%, p = 0,027). Sin embargo, la tasa de embolismos, abscesos, sepsis persistente y complicaciones neurológica fue similar. La necesidad de cirugía durante la fase activa también fue similar (55% en EISVN y 50% en EISP). La tasa de cirugía urgente fue mayor en la EISVN (19% vs 8%) aunque no estadísticamente significativa (p = 0,09). La mortalidad hospitalaria (24% vs 18%) y la mortalidad tardia (19% vs 21%) no fue diferente. La supervivencia a los 5 años fue similar en ambos grupos (96% al año y 87% a los 5 años para EISVN y 92% al año y 66% a los 5 años en EISP tardía). En conclusión, las características clínicas y manejo de los pacientes con EISP tardía es similar a aquellos con EISVN. A diferencia de estudios previos, el pronóstico de los pacientes con EISP tardía no es diferente al de la EISVN.